Ernst Bakker studeerde rechten en sociologie en was vanaf 1971 fractiemedewerker bij de toenmalige Tweede Kamerfractie van D66. Van 1978 tot 1981 was hij vervolgens gemeenteraadslid in Amsterdam en assistent van D66-fractieleider Jan Terlouw.
Ernst Bakker was tussen 1974 en 1990 verder leider van de verkiezingscampagnes van zijn partij. Na de succesvolle campagne van 1981 nam hij zelf zitting in de Tweede Kamer. In de jaren negentig keerde Bakker terug in de Amsterdamse gemeentepolitiek. Hij was zowel raadslid als wethouder. In 1998 legde hij zijn werk in Amsterdam neer zodat hij burgemeester kon worden van Hilversum. In 2011 ging hij met pensioen. Ernst Bakker werd als burgemeester opgevolgd door Pieter Broertjes.