Het museum sloot de deuren in 2007 voor het publiek in verband met een grote verbouwing. Het Nederlands Scheepvaartmuseum is gevestigd in ’s Lands Zeemagazijn, een gebouw dat in 1656 werd gebouwd onder leiding van stadsbouwmeester Daniël Stalpaert (1615-1676). In 1973 betrok het museum het pand.
De afgelopen periode is het gebouw zoveel mogelijk teruggebracht naar het oorspronkelijke ontwerp van Stalpaert. Verder heeft de binnenplaats, genaamd Het Open Pleyn, een glazen dak gekregen.
Koningin Beartix woonde de officiële heropening zaterdagavond 1 oktober aols eregast bij. Ze zal ook een van de nieuwe tentoonstellingen bezoeken.
In het museum kunnen bezoekers vanaf 2 oktober in dertien nieuwe, interactieve tentoonstellingen “ervaren hoe de zee de Nederlandse cultuur heeft bepaald”.