Op 6 januari 1579 ondertekenden de Waalse gewesten Artesië, Kamerijk, Henegouwen en Romaans-Vlaanderen de Unie van Atrecht. Hiermee werd gebroken met de Opstand. Enkele maanden later volgde de ondertekening van Traktaat van Atrecht, waarmee de gebieden zich verzoenden met Filips II en de hertog van Parma.

Voor rust in de Nederlanden zorgde de Pacificatie echter niet. Afspraken over godsdienstvrijheid waren bijvoorbeeld niet gemaakt en onder meer rond Gent laaiden nieuwe beeldenstormen op en werden door calvinisten zelfs katholieken vermoord. In 1578 benoemde koning Filips II een nieuwe landvoogd: Alexander Farnese, de hertog van Parma. Die wist handig gebruik te maken van de onderlinge verdeeldheid en wist in de zuidelijke Nederlanden een aanzienlijk aantal zogenaamde malcontenten voor zich te winnen. Dit waren katholieken die zich verenigd hadden uit protest tegen calvinisten die probeerden de katholieke godsdienst te verbieden. Mede dankzij de inspanningen van de hertog van Parma werd op 6 januari 1579 de Unie van Atrecht ondertekenden. De breuk werd daarmee definitief. De gewesten spraken onder meer af dat:
- er geen buitenlandse troepen meer welkom waren in de gewesten;
- de katholieke godsdienst de enige toegestane godsdienst was;
- alle privileges van voor de opstand werden hersteld;
- … en de Raad van State georganiseerd werd zoals onder keizer Karel V.
Al snel na de ondertekening bracht de hertog van Parma de gebieden weer onder Spaans bestuur.
Unie van Utrecht

Samenvatting: De Tachtigjarige Oorlog – Opstand in de Nederlanden
Overzicht van Boeken over de Tachtigjarige Oorlog