Zwartkruis voetbalde vroeger bij de Amersfoortse voetbalvereniging HVC. Hierna ging hij als trainer aan de slag. Na clubs als CJVV en Quick Amersfoort te hebben getraind werd Zwartkruis in november 1962 benoemd tot assistent van Elek Schwartz, de bondscoach van het Nederlands elftal.
In 1976 werd Zwartkruis zelfstandig bondscoach. Hij volgde toen de opgestapte George Knobel op. Aanvankelijk zou Zwartkruis de functie van bondscoach slechts twee wedstrijden vervullen, maar dat werd later verlengd. De KNVB wilde de trainer eigenlijk nog langer vasthouden, maar Zwartkruis gaf in de loop van 1977 aan dat hij zijn baan bij Defensie niet op wilde geven.
WK 1978
Hij werd als bondscoach opgevolgd door de Oostenrijker Ernst Happel. Later dat jaar werd besloten dat Zwartkruis diens assistent zou zijn in aanloop naar en tijdens het WK 1978 in Argentinië. Er wordt wel eens beweerd dat Zwartkruis de leiding over het elftal in de loop van dat toernooi overnam. Het Nederlands elftal was in Argentinië verliezend finalist.
Na het succesvolle toernooi werd Zwartkruis weer zelfstandig bondscoach. Met Oranje wist hij zich hierna te kwalificeren voor het EK van 1980 in Italië maar zijn ploeg werd teleurstelling in de eerste ronde van dat toernooi uitgeschakeld. In 1982 nam hij ontslag, na tegenvallende resultaten ikn aanloop naar het WK van 1982. Hij werd opgevolgd door Kees Rijvers.
Tussen 1962 en 1981 was Zwartkruis ook trainer van het militaire voetbalelftal.
