De Japanner was lid van een commandoklasse en vooral getraind in guerrilla-technieken. Eind 1944 werd hij door zijn meerderen naar het Filipijnse eiland Lubang gestuurd om de opmars van de geallieerden zoveel mogelijk te vertragen.
Mei 1945 werd het eiland ingenomen door de geallieerden. De meeste Japanners kwamen hierbij om het leven maar Onoda bleef in leven. Samen met twee drie andere soldaten hield hij zich enige tijd schuil in de bergen. Het officiƫle bericht dat er een eind was gekomen aan de oorlog bereikte de Japanner niet. Uiteindelijk bleef hij alleen achter. Hij hoorde wel iets over het einde oorlog, maar hij dacht dat het om een Amerikaanse truc ging.
In 1959 werd Onoda in zijn geboorteland officieel doodverklaard maar in 1974 werd hij gevonden door een Japanse reiziger. Toen die Onoda vertelde dat de oorlog al jaren voorbij was, weigerde de Japanner dit te geloven. Het eiland Lubang waar hij decennia daarvoor heen was gestuurd wilde hij ook niet verlaten. De overheid besloot toen om de oude commandant van Onoda op te sporen. Die reisde vervolgens naar Lubang en beval Onoda om de wapens neer te leggen. Hiroo Onoda gaf zich hierop officieel over aan de Filipijnse autoriteiten.
Na 29 jaar keerde Onoda hierna terug naar Japan waar hij als een held werd onthaald. Hij bleek na de oorlog nog wel een aantal Filipijnen te hebben gedood. De Filipijnse president Ferdinand Marcos verleende hem hiervoor echter gratie.
