De Europese politiek was tot in de jaren negentig nooit erg zichtbaar voor het grote publiek. De pers besteedde maar weinig aandacht aan de vaak abstracte onderwerpen die speelden. Een affaire in de Commissie-Santer bracht daar in 1999 verandering in. De frauduleuze praktijken van een Franse eurocommissaris werden in de wintermaanden van dat jaar het einde van de commissie van Jaques Santer. Nooit eerder was een Europese affaire uitgegroeid tot een weken durende crisis met zulke verstrekkende gevolgen.

Alles leek rustig en saai tot aan het einde van 1998, het voorlaatste jaar van de commissie. Er kwamen diverse geruchten naar buiten over corruptie en machtsmisbruik van enkele leden van de commissie. Vooral de naam van de Franse commissaris Edith Cresson werd vaak genoemd. Deze Franse sociaaldemocrate was eerder al eens een jaar premier geweest onder president Mitterrand. In zijn laatste maanden als president benoemde hij haar tot eurocommissaris. Cresson had weinig met het Europese project en hield zich vooral bezig met de behartiging van Franse belangen. Die houding maakte haar weinig populair bij haar collega’s. Naast weinig populair bleek ze ook niet erg integer te zijn. In de verhalen die naar boven kwamen bleek Cresson zich aan vriendjespolitiek schuldig te hebben gemaakt. Het meest pikante detail was dat ze haar minnaar, de tandarts Rene Berthelot, een fictief baantje had toegeschoven. Hij zou een onderzoek doen naar AIDS. Na een gage van 134.000 euro en zeventien reisjes op kosten van de Europese Unie leverde hij slechts een vodje van een paar pagina’s af. Ook bleken diverse vrienden te zijn ingehuurd als “consultant”. De Spaanse commissaris Manuel Marin bleek daarnaast ook het nodige uit te leggen te hebben.
Een belangrijke sleutelfiguur in deze onthullingen was de uit Nederland afkomstige ambtenaar Paul van Buitenen. In de loop van 1998 was hij als medewerker van de financiële controledienst onregelmatigheden op het spoor gekomen. In de zomer van 1998 publiceerde hij een intern rapport dat aantoonde dat er diverse dubieuze uitgaven gedaan werden in allerlei Europese programma’s. Vooral bij het zogenaamde Leonardo Da Vinci-programma dat onder Edith Cresson viel, leek veel mis te zijn. Zijn superieuren zaten echter niet op een schandaal te wachten en probeerden de onthullingen onder het tapijt te vegen. Het werd Van Buitenen verboden om zich nog langer met de zaak bezig te houden of op het rapport naar buiten te brengen. December 1998 dwong zijn geweten hem echter het rapport te delen met het Europees parlement. Dat leidde tot flinke sancties tegen Van Buitenen. Zijn salaris werd gehalveerd en hij werd op non-actief gesteld.

Op 15 maart 1999 presenteerde de commissie van wijzen haar bevindingen. De commissie had de weken daarvoor meerdere leden van de Europese Commissie verhoord. De meeste commissarissen bleek niets te verwijten of ze hadden slechts kleine inschattingsfouten gemaakt die hen niet in moeilijkheden brachten. Anders was het voor Edith Cresson waarbij duidelijk bewezen werd dat ze corrupt was. Haar positie was definitief onhoudbaar geworden. Dat had Santer verwacht. Hij was al van plan om een strategie op te tuigen om van Cresson af te komen. Maar tot zijn schrik kreeg de hele commissie er van langs vanwege het feit dat dit zo uit de hand was gelopen. De zin:
“Het is bijna onmogelijk geworden om nog iemand te vinden met enig gevoel voor verantwoordelijkheid”
…kwam hard aan. De zin bleek onder druk van de Franse regering te zijn toegevoegd zodat de zwarte piet niet enkel bij de Franse eurocommissaris terecht zou komen. Dezelfde avond nog besloot de Commissie-Santer af te treden. Dit om een motie van wantrouwen, die er zeker zou komen, voor te zijn. Die motie zou het gehaald hebben want intussen had ook de sociaaldemocratische fractie zich tegen hun politieke soortgenoot gekeerd. Het was voor het eerst in de geschiedenis van de unie dat een commissie de eindstreep niet haalde.
De grootste slachtoffers werden voorzitter Jacques Santer, die per direct opstapte, en Edith Cresson. Zij weigerde echter nog steeds om af te treden en werd gesteund door de Franse regering. Het Europese parlement nam daarom maar een voorstel aan waarmee Cresson de toegang tot het Europees parlement werd ontzegd. Manuel Marin kwam beter weg. Hij kon zijn positie handhaven en werd zelfs waarnemend voorzitter voor de tijd die de zittingstermijn van de commissie nog duurde. Cresson bracht de jaren daarna veel in de rechtszaal door. Na lang getrouwtrek werd ze in 2006 veroordeeld. De strafeis, halvering van haar pensioen, werd echter afgewezen. Het Europese hof vond het feit dat ze de jaren daarvoor flink door het slijk was gehaald al voldoende straf.
Klokkenluidersregeling

Hoewel de val van de Commissie-Santer de reputatie van de Europese politiek geen goed deed, zorgde de crisis er wel voor dat de Europese politiek meer aandacht kreeg. Voor het eerst haalde de Europese Commissie wekenlang de voorpagina’s van de kranten. Bovendien had ook het Europees parlement laten zien dat het wegsturen van de commissie wel degelijk een pressiemiddel kon zijn.