In 1942 en 1943 werd de Hollandsche Schouwburg door de Duitsers, die het theater omdoopten in Joodsche Schouwburg, gebruikt als deportatieplaats. Duizenden Joden werd vanuit de schouwburg op transport gesteld naar Westerbork om van daaruit doorgestuurd te worden naar de concentratie- en vernietigingskampen.
Na de oorlog waren er plannen om de Hollandsche Schouwburg weer als theater in gebruik te nemen. Die plannen stuitten echter op verzet. Veel mensen vonden het niet gepast om de schouwburg weer een plek van plezier en amusement te maken. De Hollandsche Schouwburg was voor velen onlosmakelijk verbonden met de Holocaust. In 1962 werd op de binnenplaats van de schouwburg een monument onthuld ter nagedachtenis aan de Joodse slachtoffers. In 1993 volgde een gedenkwand met daarop alle 6700 familienamen van uit Nederland gedeporteerde en vermoorde Joden.
Tot 8 mei 2011 staat de schouwburg met de tentoonstelling Beladen, betwist, bewaard stil bij de na-oorlogse geschiedenis van de schouwburg. Een belangrijk deel van de presentatie bestaat uit een onbekend lied van de Joodse overlevende Hans Krieg (1899-1961). Deze componist en dirigent componeerde het nummer Waar bleven de Joden van ons Amsterdam? in 1947. Op verzoek van de Hollandsche Schouwburg heeft Kriegs dochter Mirjam dit lied onlangs opgenomen. In het lied wordt op een indringende manier stilgestaan bij het verlies van zoveel Joodse Amsterdammers:
“Waar zijn al de venters met fruit en met bloemen en waar is de voddeman, die altijd kwam. Waar zijn de tienduizenden hier niet te noemen. Waar zijn toch de Joden van ons Amsterdam?”
De tentoonstelling in de Hollandsche Schouwburg sluit aan bij de tentoonstelling Wie niet weg is, is gezien. Joods Nederland na 1945 die momenteel in het Joods Historisch Museum te zien is. Bij die tentoonstelling is ook een boek verschenen: Joods Nederland na 1945
