Een van de eerste rabbijnen van de Portugese Gemeente in Amsterdam.
Isaac Aboab da Fonseca werd op 1 februari 1605 geboren in Portugal. Hoewel zijn ouders zich onder druk bekeerd hadden tot het christendom, was de situatie voor hen niet veilig. Zijn ouders weken daarop uit naar het Spaans-Franse grensplaatsje Saint-Jean de Luz. Hier overleed zijn vader en bleek het na enige tijd ook niet veilig te zijn waarop besloten werd naar Amsterdam uit te wijken. Isaac Aboab da Fonseca was zeven toen hij in Amsterdam arriveerde.
In Amsterdam kreeg hij een joodse opvoeding. Hij was een leerling van Isaac Uziel. Toen hij achttien was werd hij al benoemd tot rabbijn van Beth Israel, een van de drie Sefardische gemeenten in Amsterdam. Nadat deze drie gemeenten in 1639 werden samengevoegd, behield Aboab zijn functie.
In 1642 vertrok hij naar Brazilië dat toen onder Hollands bestuur stond. Hij reisde af naar de kolonie Pernambuco waar veel Portugese joden woonden die eerder door de inquisitie naar deze plaats waren verbannen. Nadat Nederland de kolonie weer verloren had aan de Portugezen keerde Aboab terug naar Amsterdam. Hij werd opnieuw rabbijn en lector van de talmoedschool.
Aboab behoorde tot het college dat in 1656 de ban uitsprak over de Nederlands filosoof Baruch Spinoza. De filosoof werd uit de sefardische gemeente verbannen. Of dit enkel gebeurde vanwege Spinoza’s filosofische ideeën wordt vaak betwijfeld. Vaak wordt aangenomen dat de ban over Spinoza werd uitgesproken omdat deze weigerde na het overlijden van zijn vader diens erfenis met louter schulden te accepteren.
Isaac Aboab da Fonseca vertaalde verschillende kabbalistische geschriften van Abraham Herera uit het Spaans in het Hebreeuws. Aboab overleed op 4 april 1693 in Amsterdam. Hij werd opgevolgd door Jacob Sasportas.