Het tribunaal acht hem schuldig aan moord, vervolging en aanvallen op burgers in Bosnië en Kroatië in de jaren negentig. Perisic wordt onder meer verantwoordelijk gehouden voor het drama Srebrenica omdat hij financiële en militaire steun gaf aan de Bosnisch-Servische troepen die in Srebrenica een bloedbad aanrichtten.
De rechters hebben ook gezegd geen bewijs te hebben gevonden dat Perisic van te voren wist van de genocide.
In 2005 gaf Perisic zich vrijwillig over aan het VN-hof. Tijdens het proces gaf hij aan de verschrikkingen van de oorlogen op de Balkan te betreuren. Hij gaf echter ook aan zelf onschuldig te zijn.
