De in Diemen geboren schaatser nam in de jaren veertig deel verschillende keren deel aan het Nederlands kampioenschap all-round, dat destijds nog op natuurijs werd verreden. In 1940 eindigde hij op het in Groningen gehouden kampioenschap als zevende in het klassement. Twee jaar later won hij in Zutphen goud op de 5 en de 10 kilometer. Ook werd hij tijdens dit toernooi tweede in het algemeen klassement, achter Herman Buyen.
Na zijn schaatscarrière begon Jaap Havekotte met Co Lassche in Amsterdam de Viking Schaatsenfabriek. De Viking schaats die hier werd geproduceerd, werd een doorslaand succes. Vanaf 1972 werden met de schaats een groot aantal wereldrecords gevestigd. Op de Viking-schaatsen werden meer titels en records behaald dan op welk ander merk ook.
De Viking Schaatsenfabriek bestaat nog altijd. Het bedrijf wordt momenteel geleid door de zoon van de overleden schaatser, Jaap Havekotte jr.
